La diferencia fundamental entre IMAP y POP3 se encuentra en la manera en que gestionan los correos:

• POP3
  • Al descargar los correos a la computadora, el programa (Outlook, Thunderbird, Mac Mail, etc.) los elimina del servidor, liberando el espacio de la casilla, pero conservando el correo en el disco de la computadora.
  • No hay sincronización entre el programa y el webmail. Todo lo que haga con su programa no se verá reflejado en el webmail.
• IMAP
  • Al descargar los correos a la computadora, el programa no los elimina del servidor, sin liberar espacio, pero conservando el correo en el disco de la computadora y también en el servidor.
  • Sincronización de bandeja de entrada, enviados, carpetas, etc. con el webmail. Todo trabajo realizado con los correos se reflejará en el webmail u en otro programa de correo que haya configurado con IMAP, ya sea desde otra computadora o un dispositivo móvil.